金邦尼放棄了聖十字傳教站後，返回義大利並陪伴了父親一段日子。馬扎神父見他精疲力竭，便懷疑他能否重返非洲。金邦尼的體力稍微恢復後，便負責照顧馬扎學院的非洲學生。金邦尼描述他的計劃：發展非洲本土的神職人員，並在歐洲的學院教育非洲的青年男女，好使他們在天主教的環境裡陶成；這樣，待一段時日後，便可按照各人的專業和天賦，回家鄉教導和傳授他們所學得的知識。

就當時的情況而論，人們的確應該聽從馬扎神父的計畫。非洲人在當時仍被視為奴隸，或是僕人和工人，馬扎神父卻想給他們提供最好的教育。對歐洲人來說，他們幾乎沒有可能抵抗非洲的天氣，因此，唯一的解決方法，似乎只有在歐洲教育非洲人。

第二次傳教旅程

金邦尼剛開始工作不久，便有消息傳來：一群非洲奴隸在印度洋獲一艘英國戰艦拯救，暫時居於亞丁。馬扎神父認為，從他們之中帶一些青年到自己的學院去是有助益的。因此，金邦尼獲派展開他的第二次傳教旅程，經埃及和紅海前往亞丁。

在亞丁，金邦尼集合了七名非洲青年，為他們取得了英國護照，準備將他們帶往維羅納。金邦尼認為，這工作幫助了這些年輕人擺脫人口販子的錯誤行為。「為販賣人口所進行的貿易是卑鄙的行為。那是一種可恥的生意，侮辱和貶抑人性。我們人類都是一樣，蒙天主賞賜智慧與能力，有著天主的印記，又是按照天主聖三肖像而受造的。但是，奴隸買賣使人被貶抑成動物。」他講述蘇丹的一場激戰，是因三千名非洲人被賣往科爾道凡一事所導致的。由於涉及有關奴隸買賣的法律，金邦尼在離開亞歷山大時被海關阻攔，滯留了兩天。他唯有虛張聲勢，指稱這些非洲人持有英國護照，並聲言他們的確是來自印度，因而得以脫險。

奴隸買賣的痛苦

我們可能會問：為甚麼要帶這些青年前往歐洲？為甚麼不把他們送回自己的家鄉？其實，他們之中很多人早在七、八歲的時候，已被囚禁和奴役，現在已記不起自己的家在那裡。帶往歐洲的青年當中有一人最終做了神父，但他甚至不知道自己屬於那一個部族。在往後的歲月裡，金邦尼帶領許多人返回蘇丹，其中有些人很幸運地找到自己的家。在這些幸運兒之中，有一名男孩在七歲時被奴隸商擄走。當時，他正在離奴隸商不遠的地方，領著瞎眼的母親走路。幸而，他日後認出了某些標誌而返回自己的村落。

另一次，金邦尼在路上看見一支奴隸隊伍，他形容說：「在沙漠，我曾遇見超過二十群被擄的奴隸，他們一邊走，一邊捱著鞭打。小童由母親抱著。至於那些能走動的小孩，他們的頸給縛在母親所挑著的槓棒上，以防逃走。奴隸商在十五歲以上的孩子頸上圍著羊皮帶，再把羊皮帶連接自己手持的繩鞭。成年人則分成一對一對，每人的頸拴在槓棒的末端。其它人的手臂則反縛在背後。有些人的腳繫上鎖鏈，還被迫挑著行李。每當他們慢下來或表現得疲倦時，便立刻嚐到長矛和棍棒打擊的滋味。一些人不支而倒在地上；他們不是被人用棍棒或長矛毆打致死，就是被遺棄在路上死去。這樣，奴隸每天被迫步行超過十二小時，為期三個月。」金邦尼對這樣的情況感到非常憤慨，決定要做點事，阻止它繼續發生。

絕望中懷著希望

一八六一年三月，金邦尼完成他的亞丁之行回到維羅納。他想過重返非洲，卻遇到一些阻礙。一八六一年十一月，教會當局再度嘗試在蘇丹傳播福音，把傳教站移交方濟會。一行五十一人的隊伍，包括神父、修士和教友，一直沿著尼羅河向南前進。由於他們缺乏經驗，又急於抵達傳教站，從開羅啟程南行之前，未能花時間去適應當地的水土。因此，院長和其中七人在途中去世。在幾個月之間，所有人均相繼死亡或被迫回家。在羅馬，人們似乎已對非洲這一帶地區不抱任何希望，而它亦被逐漸遺忘。

然而，金邦尼沒有放棄他的希望。他繼續教導非洲學生。他還開始讓歐洲人士認識馬扎神父的工作。在寫給德國一群助手的信裡，他描述非洲人如何研讀基督宗教的信理、阿拉伯語、義大利語、算術和舊約歷史。一八六一至一八六四年間，金邦尼逐漸發展他的理想。他開始體察到在歐洲教育非洲人並非上策。因那不勒斯氣候較為溫暖，方濟會士盧多維克．加索里亞神父已在此區進行類似的工作。然而，金邦尼覺得必須發展另外不同的工作。