一八五七年九月，六位馬扎傳教士從的里雅斯特啟航，前赴埃及。金邦尼也在其中，這也是他的首次傳教旅程。他們在聖地稍作停留朝聖後，便繼續前往中非。金邦尼寫信給父親，描述他們沿尼羅河往下走的旅程：在河流的兩旁，都是遼闊而密密麻麻的原始森林，覆蓋大地並保護了野生的瞪羚、羚羊、獅子和長頸鹿，景色跟加爾達湖大相逕庭。傳教士花了三個月的時間往喀土穆；然後，他們在酷熱中度過三星期難受的航程，最終抵達深入南蘇丹的聖十字傳教站。
在聖十字傳教站的工作
新傳教士們著手佈置居室。金邦尼在另一封信中，講述他們的工作。其中一人負責木工，製造一些基本的用具，例如藥櫃、木盒、餐桌等。一人做菜、另一人洗熨，金邦尼自己則負責裁縫。在他們居住的地方，人們講著各種他們不懂的語言，因此，他們先學習了較為普遍的丁卡語。他們做了一個簡單的生字表，盡力用阿拉伯語來溝通。那時恰逢雨季，他們全都患了病。到了第六週，成員中的奧利波尼神父就因病去世。奧利波尼神父垂危的時候，仍對他的同伴說：「即使你們只剩下一人，也不要放棄。天主願意讓這傳教站和非洲的歸化繼續下去。我確是為此而死。」這番話給金邦尼留下了深刻的印象，並在往後的日子裡鼓勵著他。
由於雨季的關係，傳教士與外界隔絕消息。最終傳到金邦尼的消息，就是他的母親去世了。他時常稱讚父母所作的犧牲，讓他成為傳教士：他深深覺得再不能要求有更慷慨的父母了。他獲悉母親逝世後，禁不住向其中一位同伴傾吐內心的哀傷，也寫信給他的表弟，說：「我既已捨棄了一切，難道天主連這犧牲也要嗎？願天主受讚美。但是，這使我很心煩意亂，我的母親去世，現在只剩下父親獨自一人。」
信件亦道出其他傳教士相繼去世的消息。事實上，這些年來，沿著尼羅河傳教站工作的傳教士當中，已有十九人去世。金邦尼與其餘仍倖存的，都是身體虛弱和發著高燒。因此，一八五九年一月，他們決定放棄聖十字傳教站的工作，返回非洲。
這次北上到埃及的旅程需時六個月。金邦尼在路上寫信告訴一位朋友，他經常發燒，並害著痢疾。「這些疾病使我虛弱得多了，令我感到快要死去。身邊的人都勸告我離開中非，至少離開一段日子，然而，這都不是我所願意的……但接下來該做什麼呢？看來除了心悅誠服地接受天主的旨意外，沒有別的選擇了。目前唯有回家，等待聖神新的推動罷。」
此時，金邦尼在非洲已度過了兩年光陰，但因種種困難，實際上在聖十字站工作的時間只有十一個月。儘管如此，十年前，即一八四七年，最先一批傳教士前往非洲這一地區時，沒有一人能在這樣的氣候下逗留和工作。所有人都患了瘧疾，且只有少量藥物，因而無法治好熱帶疾病。傳教士唯一的通訊和運輸工具，就是在河上使用船隻，或是在橫度沙漠時使用的駱駝。這些工具十分緩慢，例如由蘇丹往埃及便需時數月，而且，由於經常受到水災或旱災的影響，路線也不確定。這些早期的傳教士不能預先作好準備，以應付可能遇上的困難。此外，在那時候，對外界的人來說，非洲是一處未探明的地方，他們也無法在事前先做妥善準備。因為他們是真正的先驅。
十字架的經驗
金邦尼決定從事神職工作前，曾花了兩天跪在十字架前祈禱。他漸漸明白到，夢想和渴望在非洲工作，意味著自己的生命將充滿個人的痛苦和損失。他的父母曾養育八名子女，但其中七人已離世。明顯地，金邦尼是在某程度的不幸和悲傷中成長。在決定成為傳教士的時候，他十分關心這為父母所帶來的痛苦：他們將失去他，也許永遠再見不到他。他在非洲寫給父母的信裡指出他感覺得到他們的失落，也知道母親的感受：「我每天是那麼惦念著你們，也想著你們為天主所奉獻的犧牲。我永遠愛慕你們，感謝你們的犧牲，為我所做的一切。不少人為我們祈禱，但我認為你們所誦念的每一篇聖母經，都更為寶貴，因為它發自一顆為光榮天主而完全奉獻自己的心。」金邦尼在母親過世後五個月才獲悉時，深深體會到，這犧牲對他和父母的意義。
金邦尼立刻回信給父親。雖然他極力安慰父親，但字裡行間卻流露出他莫大的悲傷。一字一句，除了表達出孝心外，也是從心底發出的呼喊、呻吟。他用了三頁紙的篇幅，描寫為基督受苦是如何偉大，而只有一處提到母親：「我歡欣雀躍，因為她比以前更接近我。」這封信有很多處顯示出，金邦尼明白度基督徒生活和宣講福音時要蒙受苦難。他敘述教會也是透過犧牲而成長的。他讚揚天主，因為天主以這方式來眷顧他們。他也承認，「在某些時刻，人性的軟弱能使他們陷入深切的哀傷，但我知道，藉上主的恩寵、聖母的助佑，以及那些愛我們的人的轉禱，我們能從這份哀傷中提升到更超越的思想裡去。」
從這信的內容看，金邦尼盡力嘗試安慰自己。他的信德沒有因此而薄弱，反而看到他如何在自己的生活環境中，了解十字架的意義。昔日金邦尼曾默觀生命的際遇，今天他也默觀這一切。
金邦尼獲悉母親去世前不久，目睹他的同僚奧利波尼神父去世。奧利波尼神父只在聖十字傳教站服務了五週。母親和奧利波尼神父二人的死亡令金邦尼領悟到，成為傳教士也是一種殉道。
他從失去家庭、母親和朋友中，體驗莫大的難過與哀傷。只有親自經歷這種哀傷和失去，而不懦弱逃怯，才能明白它的意義。
耶穌苦難的臨現
金邦尼看到自己的生命臨現了耶穌的苦難、死亡和復活，從而領悟失去的意義。他之所以能夠從各種經歷中看到天主的臨在，能夠寬恕他人、憐憫他人，並非因他否認那發生在他身上的一切，而是因他擁抱痛苦、把痛苦跟十字架結合。因此，在一八六八年，當他的新學院受到強烈的反對，他能寫道：「降生成人的天主，用十字架來顯示自己的大能，再沒有比這更好的方法了。十字架是善人真正的安慰、支持和力量；它造就了偉人，讓他們準備，貫徹履行光榮天主、拯救人靈的偉大事工。」
金邦尼能夠在其際遇中看到上主的臨在：「他感到天主與他同在，無論發生什麼事情，都在他的身旁。由於天主臨在、十字架也臨在。然而，對金邦尼來說，十字架的痛苦並不重要，而是它的力量才重要。如同聖保祿一樣，他因基督的十字架而感自豪。這十字架的力量是從哥耳哥達的高峰頂端湧現出來，然後使整個宇宙充滿它的力量，而且能夠把中非轉變成祝福和救恩的地方……十字架所發出的力量是溫柔的，不會毀滅：它降臨在靈魂上，並更新它們，如同清涼的露珠。」金邦尼所說的這番話，反映他透過生命的經歷，默觀復活的主，理解失去和痛苦的意義，並在其中找到交付生命的經驗，找到復活。
從他以下所寫的話語，我們可看到這種整合：「我已經看到並明白，對我來說，十字架是這樣的一位朋友，常常如此地接近，令我選擇它作為終生的、永不分離的新娘……我鍾愛的新娘給非洲重生的工作帶來生氣。」因此，金邦尼的苦痛不但是為自己，也為他人成就了充滿意義和生氣的生命價值。
在復活的主內喜悅
受苦的基督臨現在金邦尼的生命裡，而復活的主也隨之臨現。透過滿懷希望、熱愛他人、在周遭環境中保持喜樂、懂得享受人生等，金邦尼在生命中與復活的主相遇。
復活的主讓金邦尼充滿樂觀和希望。一八六六年，他寫信給他的朋友方濟．布里科洛，說：「我對天主充滿信心。我確切知道，這計劃就是天主的旨意。」在喀土穆，一些人講述他的生平。其中有一位回教徒，名叫賽義德．穆罕默德．塔哈，見證了金邦尼如何「相信一切事情均來自天主；他總是信任天主的。」
復活的主也臨現在他與人建立的友誼中，他的書信常常表達出一份對人的溫情。他敘述其中一位表親的女兒時說：「親愛和可愛的埃爾米尼亞最近好嗎？我時常想起她。請代我送給她萬千個吻，告訴她，雖然我們相隔兩地，但沒有使我們疏遠。告訴她，多年以來，我一直樂於與她保持一份特別的感情，如某些人一樣。我從不後悔一直愛她，即使在這遙遠的地方，也因愛她而感到欣喜。」他寫給父母的信也充滿感情，尤其表達跟他們在天主內合一。他對父親說：「我的心時常向著你，每天想念你，在工作中也從不曾忘記你。天主指引著我們的事務，在祂內我們擁有一位好管家，一位忠信的朋友，一位親愛的父親。」
金邦尼的書信洋溢著他對周遭世界的喜樂。他喜愛所有的聖地、開羅的日常生活、尼羅河沿岸的原野生活，看來好像「令人心醉的伊甸園。」
金邦尼懂得如何保持輕鬆和享受人生。有一次，有人送給他幾瓶酒，他向對方提及，「為了天主的更大光榮，也祝你和我們健康，以下是我們享用美酒的情況：一、我在開羅的學院與所有的神父一起享用了兩瓶。二、一瓶用來跟我們的好朋友、基督修士會的院長一起享用。三、我們在阿斯曼那裡誤用了一瓶：我們為了款待把傳教站轉移給我們的兩位方濟會士，想開一瓶普通的酒，卻錯用了你送來的其中一瓶。四、我把最後一瓶藏在皮箱裡，沒有人知道的；我們將於九月十四日在科爾道凡飲用，慶祝耶穌聖心代牧區成立。你可知，如果在中非有幸享用這樣的美酒，簡直再好不過了！……我們喝這些酒時，就像享用來自另一個世界的瓊漿玉液！
透過這些平凡的方式，金邦尼分享復活的主的生命。身為傳教士，他把生命留給其他人。